Собственно собором Троицкая церковь, известная еще в XVII веке, стала именоваться с 1772 года. В 1930-е годы богослужение в Троицком Соборе были прекращены, храм закрыт. В 1941 году в здании работал эвакогоспиталь, в 1943 году —  Дом Красной Армии. После войны в здании находился районный Дом культуры. В 1997 году здание возвращено Новгородской епархии. В 2001 году вновь отстроенный собор был освящен Архиепископом Великого Новгорода и Старорусским Львом.